Климат прохладнее, чем ждёшь от широты. Дни часто мягкие и солнечные, ночи холодные, а перепад температуры ощущается быстро. Куско и Уанкайо высокие: первые дни может давить высота. Арекипа ниже, суше и солнечнее, с вулканами вокруг и почти пустынным светом. Дожди сильнее в летний сезон. Сухой период даёт ясное небо, резкое солнце и холодные ночи.